LAGE
Il Laboratorio di Genomica ed Epigenomica (LAGE) di Area Science Park è una facility dedicata alle analisi di sequenze su DNA e RNA e genotipizzazione (microarrays). Basato su un modello open access, il laboratorio organizza, integra e ottimizza in un’unica struttura risorse, conoscenze ed esperienze. È un centro di riferimento di rilevanza nazionale nel campo della genomica ed epigenomica, e favorisce sinergie tra attori regionali, nazionali e internazionali.
Il laboratorio ospita 20 postazioni di lavoro dotate degli strumenti necessari per preparare e gestire i campioni durante l’elaborazione e l’interpretazione delle sequenze. I ricercatori e i tecnologi del LAGE sono coinvolti in numerose collaborazioni scientifiche nell’ambito di progetti di ricerca di base e applicata. Il laboratorio, inoltre, offre servizi e consulenze ad hoc. I servizi e il personale di laboratorio hanno conseguito, a partire dal 2018, la certificazione Propel-Certified Service Provider Illumina Infinium per la genotipizzazione e, a partire dal 2020, la certificazione per lo strumento MiseqDx.
Il Laboratorio di Genomica ed Epigenomica fa parte dell’Open Lab Scienze della Vita, un’infrastruttura di ricerca aperta, in cui core facility e competenze danno vita a funzioni specializzate, in grado di fornire know-how e servizi finalizzati allo svolgimento di test sperimentali e progetti di ricerca applicata ed industriale.
Studi e servizi di sequenziamento e analisi dati
- Sequenziamento dell’intero genoma
- Sequenziamento dell’intero esoma
- Pannelli genici mirati
- Sequenziamento di ampliconi / Sequenziamento mirato ad alta profondità
- Profilazione del microbioma
- Sequenziamento dell’intero genoma mediante bisolfito
- Sequenziamento mirato mediante bisolfito
- Sequenziamento diretto della metilazione del DNA
- Sequenziamento dell’RNA totale / dell’RNA poliadenilato (Poly(A) RNA) / dei piccoli RNA
- Sequenziamento diretto dell’RNA
- Sequenziamento dell’RNA a singola cellula
- Profilazione spaziale dell’espressione genica
- Genotipizzazione degli SNP / Array di metilazione
- Analisi proteogenomica
Strumenti di sequenziamento
Sistema flessibile ultramassivo di produzione di dati di sequenza del DNA, in grado di sequenziare in una sola corsa fino a 48 genomi umani a una profondità di 30×.
Lo strumento mette a disposizione più formati di cella a flusso, diverse configurazioni di lunghezza di lettura e la possibilità di analizzare una o due celle a flusso contemporaneamente per ottenere un output di dati che va da circa 160 Gb a 6 Tb e fino a 20 miliardi di reads per corsa, fornendo flessibilità su un’ampia gamma di applicazioni e dimensioni di studi.
Innovativo scanner per array che supporta l’imaging veloce, sensibile e accurato dei BeadChip Illumina.
Il sistema iScan supporta il portafoglio completo di saggi innovativi Illumina per la genotipizzazione, l’analisi della variazione del numero di copie (Copy Number Variation, CNV) e la metilazione del DNA. Gli scanner e i componenti sono modulari, creando un sistema che può essere sincronizzato e configurato per rispondere a diversi livelli di processività dei campioni richiesto. Il sistema iScan utilizza laser, ottica e sistemi di rilevamento a elevate prestazioni per offrire risoluzione fino a submicron ed elevata processività. Il risultato sono tempi di scansione estremamente veloci preservando la qualità e la riproducibilità dei dati.
Piattaforma di sequenziamento massivo parallelo da utilizzare sia in modalità certificata IVD (In Vitro Diagnostic) che in modalità RUO (Research Use Only).
Il sistema MiSeqDX Illumina unisce la tecnologia di sequenziamento mediante sintesi (SBS) Illumina con un flusso di lavoro che consente ai ricercatori di ottenere dati analizzati da campioni di DNA in appena otto ore (8h) producendo fino a 15 gigabasi di dati in un’unica corsa, 25 milioni di letture (“reads”) con una lunghezza di 2×300 bp ciascuna e parametri di accuratezza di chiamata delle basi superiori al 99.9%. MiSeq integra le funzioni di generazione di cluster, sequenziamento e analisi dei dati su un singolo strumento con una automazione totale e flessibilità nel processare pochi campioni.
Offre una tecnologia di sequenziamento del DNA e dell’RNA in tempo reale, diretta, capace di letture lunghe di singole molecole.
Il sistema PromethION 24 offre la possibilità di far funzionare 24 celle di flusso, permettendo un sequenziamento on-demand, utilizzando qualsiasi cella di flusso in qualsiasi momento. È possibile avviare e interrompere l’esecuzione di singoli esperimenti a seconda delle necessità oppure implementare più celle di flusso su singoli esperimenti per una maggiore velocità o produttività. Ogni cella a flusso consente di sequenziare fino a 3.000 nanopori simultaneamente, con un rendimento > 4,8 Tb.
Attrezzature di laboratorio
Il Laboratorio è dislocato su una superficie di 220 mq, con 20 postazioni di lavoro su bancone, una postazione di lavoro su cappa chimica e una su cappe a flusso laminare orizzontale. Le postazioni sono allestite con le seguenti dotazioni accessorie per la preparazione e la manipolazione dei campioni nella fase di lavorazione preliminari e propedeutiche al sequenziamento:
- Apparato semi-automatizzato TECAN EVO per il processamento parallelo di 384 campioni per protocollo Infinium (Tecan)
- Illumina Hybridization Oven (Illumina)
- Bioanalyzer (Agilent Technologies)
- PCR STEP One PLUS (Applied Biosystem)
- NanoDrop (ThermoFisher Scientific)
- cBot Cluster Generation System (Illumina)
- Covaris M220 sonicatore (Covaris)
- Tape Station System 4200 (Agilent Technologies)
- Cabina di sicurezza biologica Classe II conforme EN12469
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