Abstract:
Le molecole di RNA svolgono un ruolo fondamentale in biologia, e la loro funzione è spesso strettamente connessa alla loro dinamica. Le simulazioni di dinamica molecolare (MD) possono essere utilizzate per ricostruire la dinamica dell’RNA. Tuttavia, le simulazioni MD soffrono di scarsa accuratezza a causa di parametrizzazioni del campo di forza non corrette e di scarsa precisione dovuta al lento campionamento. Nel nostro gruppo, sviluppiamo e applichiamo metodi integrativi e tecniche di campionamento avanzato per affrontare questi due problemi. Fornirò una panoramica delle applicazioni recenti, inclusi il campionamento avanzato delle interazioni RNA-Mg, l’integrazione di dati di microscopia elettronica criogenica, e lo sviluppo di campi di forza per nucleotidi modificati che regolano le interazioni RNA-proteina.