16/03/2020
Covid-19: isolato e sequenziato il virus da tamponi prelevati in FVG
La sequenza completa dei genomi permette di studiare l'evoluzione del coronavirus e di tracciarne l'origine
I Nostri Campus - Genetica
Covid-19: isolato e sequenziato il virus da tamponi prelevati in FVG

II coronavirus SARS-CoV-2 è stato isolato anche in Friuli Venezia Giulia. Il risultato è frutto di una collaborazione tra ricercatori dell’Azienda Sanitaria Universitaria Giuliano Isontina, dell’ICGEB, e di Area Science Park (piattaforma di genomica ed epigenomica Open-Lab Argo). Due i risultati raggiunti: il primo è la sequenza completa dei genomi, che permette di studiare l’evoluzione del coronavirus nel corso della pandemia e di tracciare l’origine dei virus che sono stati introdotti in Friuli Venezia Giulia; il secondo è la disponibilità di isolati virali per la diagnosi e la ricerca di molecole antivirali e di un vaccino.

I primi casi positivi al Coronavirus sono stati identificati in Friuli Venezia Giulia dal primo marzo 2020. Con l’obiettivo di isolare e sequenziare il virus che circola in regione, è stata attivata una task force composta da: Pierlanfranco D’Agaro, direttore dell’Unità complessa Igiene e Sanità pubblica dell’Azienda Sanitaria Universitaria Giuliano Isontina, laboratorio di riferimento della regione Friuli Venezia Giulia per la diagnosi di SARS-CoV-2 (per la fase di raccolta dei campioni di tamponi); Alessandro Marcello, responsabile del Gruppo di Virologia Molecolare dell’ICGEB (per la fase di messa a coltura e crescita dei ceppi virali); Danilo Licastro, responsabile della piattaforma di genomica ed epigenomica Open-Lab Argo di Area Science Park (per la fase finale di sequenziamento).

Tamponi positivi ottenuti nel laboratorio di riferimento sono stati seminati su cellule in coltura. L’RNA genomico di quattro isolati virali è stato poi estratto e l’intero genoma è stato sequenziato. Il lavoro ha previsto inizialmente la realizzazione di metodi diagnostici molecolari e sierologici per il COVID-19, essenziali per capire e conoscere quali ceppi siano stati causa dell’infezione virale, anche nei casi di guarigione, e tracciare la mappa della diffusione, passata e presente.

Questi metodi sono messi a liberamente disposizione della comunità scientifica.

“Esistono altre sequenze complete del coronavirus, a partire da quelle cinesi, messe subito a disposizione della comunità internazionale e via via quelle di altri Paesi man mano che il virus espandeva l’area di contagio – spiega Alessandro Marcello. Tutte le sequenze sono raccolte su database internazionali come NCBI o GISAID dove i ricercatori possono accedere liberamente e mediante l’analisi delle differenze tracciare il percorso evolutivo del virus nella popolazione”.

Presso ICGEB è disponibile un laboratorio di livello 3 (livello massimo) predisposto per il contenimento di virus patogeni, incluso il coronavirus, che permette ai ricercatori di lavorare in completa sicurezza.

Lo strumento usato per il sequenziamento presso Area Science Park, il modello Novaseq 6000 di Illumina, è in questo momento il più performante sul mercato. Sono in corso contatti informali da parte di altre strutture sanitarie regionali italiane nell’ambito dello screening dei ceppi di COVID-19 per l’utilizzo della piattaforma di Genomica ed Epigenomica di Area Science Park, realizzata nell’ambito del Sistema Argo.

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